Nai cà tông Xiêm là loài thú quý hiếm. Ở Việt Nam chúng đã được đưa vào Sách đỏ Việt Nam, Danh lục đỏ Thế giới (1996, 2000) của IUCN xếp vào bậc VU A2c và danh sách các loài cấm săn bắn bẫy bắt, buôn bán trong Nghị định 18/HĐBT và Nghị định 32/2006/NĐ-CP của Chính phủ, Công ước CITES. Cần tăng cường bảo vệ loài này trong các Vườn Quốc gia, Khu Bảo tồn thiên nhiên, và cấm khai thác rừng ở những nơi có thể còn Nai cà tông. Mặt khác cần đưa một số cá thể về nuôi ở các vườn thú để thuần dưỡng và nhân giống. Sách đỏ Việt Nam đề nghị biện pháp bảo vệ loài nai cà tông như cấm tuyệt đối việc săn bắn, đưa một số cá thể về nuôi ở vườn thú và các vườn quốc gia để thuần dưỡng, nhân giống vì loài này được xếp vào nhóm E (nhóm có nguy cơ tuyệt chủng).

Ở Thái Lan, có nhiều lo ngại chúng sẽ bị tuyệt chủng trong môi trường tự nhiên[7], với một số lượng rất thấp, coi như có thể đã tuyệt chủng tại Lào, Campuchia và Việt Nam. Số lượng nai cà tông không còn nhiều. Riêng tại Việt Nam, số lượng nai cà tông ước tính chỉ còn vài trăm con và con số này đang giảm dần do nạn săn bắn quá mức, nạn khai thác rừng làm môi trường sinh sống của loài này bị thu hẹp. Nai cà tông quý hiếm ở Đắk Lắk có nguy cơ tuyệt chủng, Hiện nay, người ta chỉ biết về nai cà tông qua những bộ sừng được trang trí trong một số ít gia đình khá giả ở Đắk Lắk. Trước đây, người dân Đắk Lắk vẫn gặp những cá thể nai cà tông trong các khu bảo tồn thiên nhiên và vườn quốc gia. Tuy nhiên, do diện tích rừng bị thu hẹp quá nhanh, chất lượng rừng suy giảm và nạn săn bắn tàn sát động vật hoang dã nên trong khoảng 10 năm trở lại đây, không ai thấy loài động vật quý hiếm này nữa[6].